1929 Siendo Rector Ignacio García Téllez, se expide la Ley Orgánica de la Universidad Nacional Autónoma, en la que se instituye el Consejo Universitario, entre cuyas áreas se prevé la existencia de la Comisión de Hacienda y Administración. Se faculta al Consejo para designar al Auditor de la UNAM.
1930 Se aprueba el Reglamento de la Comisión de Hacienda y Administración en el que se encomienda a la citada Comisión la vigilancia del ejercicio del presupuesto, la revisión e inspección de los ingresos y la fiscalización de los fondos universitarios, entre otros.
1933 Se aprueba el Reglamento de la Auditoría de la Universidad Nacional de México, en el que se dota de funciones al Auditor, consistentes en la vigilancia de todas las erogaciones, el examen de todos los documentos relacionados con las erogaciones y la aprobación de la cuenta anual.
1945 Siendo Rector Alfonso Caso Andrade, se abrogó la Ley Orgánica de la Universidad Nacional de México de 1929 y se expide la Ley Orgánica de la Universidad Nacional Autónoma de México, en la que se instituye como autoridad al Patronato Universitario, se establecen sus actuales funciones y se le faculta para designar al Contralor o Auditor Interno.
1945 El Consejo Universitario aprueba el Reglamento de Funciones del Patronato en relación con las atribuciones del Rector.
1976 Bajo la rectoría de Guillermo Soberón Acevedo, se emite el Reglamento Interior del Patronato Universitario en el que se adscriben al Patronato las siguientes dependencias: Tesorería, Contraloría, Auditoría Interna, Patrimonio, Contaduría, Egresos, Control Presupuestal, Pagaduría. Asimismo, se abrogan el Reglamento de la Comisión de Hacienda de 1930; el Reglamento de la Auditoría de la Universidad Nacional de México de 1933, y el Reglamento de funciones del Patronato en relación con las atribuciones del Rector según disposiciones de la fracción II del artículo 86.
1977 Siendo Rector Guillermo Soberón Acevedo, se fusionan la Tesorería y Contraloría.
1992 Se separan la Tesorería y la Contraloría, para formar dos instancias propias.
1993 El Patronato Universitario emite el Reglamento de Integración y Funcionamiento del Comité de Licitaciones del Patronato Universitario en el que se crea y dota de funciones al Citado Comité, en el que el Contralor participa como Interventor.
2000 Siendo Rector Juan Ramón de la Fuente Ramírez, se emite el Acuerdo del Patronato por el que se modifica la estructura de la Contraloría, el cual crea y dota de funciones a la Dirección General de Responsabilidades, Inconformidades y Registro Patrimonial. Asimismo, se adscriben a la Contraloría, la Dirección General de Control e Informática; la Auditoría Interna y la citada Dirección General de Responsabilidades.
2007 Mediante Acuerdo del Rector y el Patronato Universitario se adscribe la Dirección General de Presupuesto a la Secretaría Administrativa. El Patronato acordó cambiar el nombre de la Dirección General de Control e Informática a Dirección General de Control Presupuestal e Informática.
2011 Siendo Rector José Narro Robles, se emite el Reglamento Interior del Patronato Universitario en el que se adscriben al Patronato la Tesorería, que se apoya por la Dirección General de Finanzas y la Dirección General de Patrimonio Universitario; y la Contraloría, que se apoya por la Auditoría Interna, la Dirección General de Responsabilidades y la Dirección General de Control Presupuestal e Informática. Asimismo, se abroga el Reglamento Interior del Patronato Universitario de 1976.
2016 Siendo Rector Enrique Luis Graue Wiechers, se reforman los artículos 12 y 13 del Reglamento Interior del Patronato Universitario, en lo relativo a las funciones a cargo de la Contraloría y la Tesorería; se determina que la Tesorería se apoye en los Directores Generales de Finanzas, de Control Presupuestal y del Patrimonio Universitario; asimismo, las funciones de la Contraloría se actualizaron y se estableció que para el desempeño de las mismas, el Contralor se apoyaría en los titulares de la Auditoría Interna, de la Dirección General para la Prevención y Mejora de la Gestión Institucional y de la Dirección General de Responsabilidades, Inconformidades, Quejas y Registro Patrimonial.
2016 El Presidente del H. Patronato emitió el Acuerdo por el que se adscribe la Dirección General de Control Presupuestal (antes de Control Presupuestal e Informática) a la Estructura de la Tesorería y Establece las Funciones de la Dirección General para la Prevención y Mejora de la Gestión Institucional, con adscripción en la Contraloría.
2016 El Presidente del H. Patronato emitió el Acuerdo que establece las funciones de la Auditoría Interna, de la Dirección General de Responsabilidades, Inconformidades, Quejas y Registro Patrimonial y de la Dirección General para la Prevención y Mejora de la Gestión Institucional, adscritas a la Contraloría, en el que se determinan las funciones de cada una de ellas.
