Coordinación de la Investigación Científica
- Coordinación de la Investigación Científica
- Centro de Ciencias Aplicadas y Desarrollo Tecnológico (CCADET)
- Centro de Ciencias de la Atmósfera
- Centro de Nanociencias y Nanotecnología
- Centro de Ciencias Genómicas
- Centro de Ciencias Matemáticas
- Centro de Física Aplicada y Tecnología Avanzada
- Centro de Geociencias
- Centro de Investigaciones en Ecosistemas
- Centro de Investigaciones en Geografía Ambiental
- Centro de Radioastronomía y Astrofísica
- Dirección General de Divulgación de la Ciencia
- Programa de Investigación en Cambio Climático
- Programa Universitario de Alimentos
- Programa Universitario de Ciencia e Ingeniería de Materiales
- Programa Universitario de Energía
- Programa Universitario de Investigación en Salud
- Programa Universitario del Medio Ambiente
Institutos de Investigación Científica
- Instituto de Astronomía
- Instituto de Biología
- Departamento de Botánica
- Instituto de Biotecnología
- Laboratorio Nacional de Microscopía Avanzada
- Laboratorio Universitario de Proteómica
- Unidad de Síntesis y Secuenciación de ADN
- Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva de DNA
- Unidad de Escalamiento y Planta Piloto
- Unidad Universitaria de Apoyo en Bioinformática
- Laboratorio de Producción de Roedores Transgénicos
- Instituto de Ciencias del Mar y Limnología
- Instituto de Ciencias Físicas
- Instituto de Ciencias Nucleares
- Instituto de Ecología
- Instituto de Energías Renovables
- Instituto de Física
- Instituto de Fisiología Celular
- Instituto de Geofísica
- Instituto de Geografía
- Instituto de Geología
- Instituto de Ingeniería
- Instituto de Investigaciones Biomédicas
- Instituto de Investigaciones en Matemáticas Aplicadas y en Sistemas
- Instituto de Investigaciones en Materiales
- Instituto de Matemáticas
- Instituto de Neurobiología
- Instituto de Química
- Torre de Ingeniería
Coordinación de Humanidades
- Coordinación de Humanidades
- Centro de Investigaciones sobre América Latina y el Caribe
- Centro de Investigaciones Interdisciplinarias en Ciencias y Humanidades
- Centro de Investigaciones sobre América del Norte
- Centro Peninsular en Humanidades y Ciencias Sociales (CEPHCIS)
- Centro Regional de Investigaciones Multidisciplinarias (CRIM)
- Instituto de Investigaciones Bibliotecológicas
- Programa Universitario de Bioética
- Programa Universitario de Derechos Humanos
- Programa Universitario de Estudios del Desarrollo
- Programa Universitario de Estudios de Género
- Programa Universitario de Estudios sobre la Ciudad
- Programa Universitario México Nación Multicultural
- Centro de Enseñanza de Lenguas Extranjeras (CELE)
- Centro de Enseñanza para Extranjeros (CEPE)
Institutos de Humanidades
- Instituto de Investigaciones Antropológicas
- Centro de Investigaciones Multidisciplinarias sobre Chiapa y la Frontera Sur
- Instituto de Investigaciones Bibliográficas
- Instituto de Investigaciones Económicas
- Instituto de Investigaciones Estéticas
- Instituto de Investigaciones Filológicas
- Instituto de Investigaciones Filosóficas
- Instituto de Investigaciones Históricas
- Instituto de Investigaciones Jurídicas
- Instituto de Investigaciones Sociales
- Instituto de Investigaciones sobre la Universidad y la Educación
