1929 Se expide la Ley Orgánica de la Universidad Nacional Autónoma de México. En su artículo 51 establece que el Consejo Universitario designará al Auditor, para que intervenga en la forma en que establezca el reglamento respectivo, quien dependera directamente del Consejo Universitario a cuya aprobación exclusiva sujetará sus actos.
1930 Se aprueba el Reglamento de la Comisión de Hacienda y Administración en el que se encomienda a la citada Comisión, la vigilancia del ejercicio del presupuesto, la revisión e inspección de los ingresos y la fiscalización de los fondos universitarios, entre otros.
1933 El Consejo Universitario aprueba el Reglamento de la Auditoría de la Universidad Nacional Autónoma de México, que en su Artículo 3° establece las funciones del Auditor de la Universidad y en su Artículo 4°, establece que para vigilar y exigir el exacto cumplimiento del Reglamento de Ingresos y de Presupuesto de Egresos de la Universidad, la Auditoría tendrá diversas atribuciones.
1945 Siendo Rector Alfonso Caso Andrade, se abrogó la Ley Orgánica de la Universidad Nacional de México de 1929 y la Presidencia de la República decreta la Ley Orgánica de la Universidad Nacional Autónoma de México, que en su Artículo 3°. Se incluye como Autoridad Universitaria al Patronato. Y en el Artículo 10°, fracción V, se establece que corresponderá al Patronato designar al Contralor o Auditor Interno de la Universidad y a los empleados que de él dependan, los que tendrán a su cargo llevar al día la contabilidad, vigilar la correcta ejecución del presupuesto, preparar la cuenta anual y rendir mensualmente al Patronato un informe de la marcha de los asuntos económicos de la Universidad.
1945 El Consejo Universitario aprueba el Reglamento de Funciones del Patronato en relación con las atribuciones del Rector.
1976 Bajo la rectoría de Guillermo Soberón Acevedo, se emite el Reglamento Interior del Patronato Universitario que en su Artículo 26º. establece las funciones del Contralor, entre las que se incluyen las realizadas por la Auditoría Interna y se adscriben al Patronato las siguientes dependencias: Tesorería, Contraloría, Auditoría Interna, Patrimonio, Contaduría, Egresos, Control Presupuestal, Pagaduría. Asimismo, se abrogan el Reglamento de la Comisión de Hacienda de 1930; el Reglamento de la Auditoría de la Universidad Nacional de México de 1933, y el Reglamento de funciones del Patronato en relación con las atribuciones del Rector según disposiciones de la fracción II del artículo 86.
1977 Siendo Rector Guillermo Soberón Acevedo, se fusionan la Tesorería y Contraloría.
1992 Se separan la Tesorería y la Contraloría, para formar dos instancias propias.
1993 El Patronato Universitario emite el Reglamento de Integración y Funcionamiento del Comité de Licitaciones del Patronato Universitario en el que se crea y dota de funciones al Citado Comité, en el que el Contralor participa como Interventor.
2000 Siendo Rector Juan Ramón de la Fuente Ramírez, el Patronato Universitario emite el acuerdo por el que se modifica la estructura de la Contraloría, el cual crea y dota de funciones a la Dirección General de Responsabilidades, Inconformidades y Registro Patrimonial. Asimismo, se adscriben a la Contraloría, la Dirección General de Control e Informática; la citada Dirección General de Responsabilidades y la Auditoría Interna, señalando que continuará ejerciendo las funciones que venían desempeñando.
2011 Siendo Rector José Narro Robles, el Consejo Universitario aprueba el Reglamento Interior del Patronato Universitario, estableciendo en su Artículo 13 las funciones del Contralor. Además de señalar que, para el desempeño de las mismas el Contralor se apoyará en la Oficina del Auditor Interno, la Dirección General de Control Presupuestal e Informática y la Dirección General de Responsabilidades, así como en cualquier área que se establezca en los manuales de organización previamente aprobados por la Junta de Patronos. Asimismo, se abroga el Reglamento Interior del Patronato Universitario de 1976.
2016 Siendo Rector Enrique Luis Graue Wiechers, se reforman los artículos 12 y 13 del Reglamento Interior del Patronato Universitario, en lo relativo a las funciones a cargo de la Contraloría y la Tesorería; se determina que la Tesorería se apoye en los Directores Generales de Finanzas, de Control Presupuestal y del Patrimonio Universitario; asimismo, las funciones de la Contraloría se actualizaron y se estableció que para el desempeño de las mismas, el Contralor se apoyaría en los titulares de la Auditoría Interna, de la Dirección General para la Prevención y Mejora de la Gestión Institucional y de la Dirección General de Responsabilidades, Inconformidades, Quejas y Registro Patrimonial.
2016 El Presidente del H. Patronato emitió el Acuerdo que establece las funciones de las dependencias adscritas a la Contraloría, en el que se establecen las funciones a cargo de la Auditoría Interna, adscrita a la Contraloría.
