2000 A través del Acuerdo del Patronato Universitario por el que se modifica la estructura de la Contraloría de fecha 3 de julio 2000, el entonces Presidente del H. Patronato Universitario, Francisco Rojas Gutiérrez, con fundamento en lo previsto por el artículo 10 fracción V de la Ley Orgánica de la UNAM, así como en los puntos I inciso 6, III, VIII, IX, XXI inciso 4, XXII inciso 5 y XXXI del Reglamento Interior del Patronato Universitario, crea la Dirección General de Responsabilidades, Inconformidades y Registro Patrimonial, y establece sus funciones, misma que estará bajo la dependencia del Contralor.
2016 Siendo Rector Enrique Luis Graue Wiechers, se reforman los artículos 12 y 13 del Reglamento Interior del Patronato Universitario, en lo relativo a las funciones a cargo de la Contraloría y la Tesorería; se determina que la Tesorería se apoye en los Directores Generales de Finanzas, de Control Presupuestal y del Patrimonio Universitario; asimismo, las funciones de la Contraloría se actualizaron y se estableció que para el desempeño de las mismas, el Contralor se apoyaría en los titulares de la Auditoría Interna, de la Dirección General para la Prevención y Mejora de la Gestión Institucional y de la Dirección General de Responsabilidades, Inconformidades, Quejas y Registro Patrimonial.
2016 El Presidente del H. Patronato emitió el Acuerdo que establece las funciones de las dependencias adscritas a la Contraloría, en el que se establecen las funciones a cargo de la Dirección General de Responsabilidades, Inconformidades, Quejas y Registro Patrimonial, adscrita a la Contraloría.
